| 1603年，蒙古布延薛禪汗去世，次年由他的長孫林丹汗繼位。林丹汗即位後，在巴林部境內的阿巴噶哈喇山修建了瓦察爾圖察漢浩特作為整個蒙古的政治、軍事、濟、文化中心。林丹汗加強了傳統的左右翼三萬戶的地方行政體制，命永謝布部卻熱斯塔布囊為特命大臣，率領一支軍隊駐防趙城（今呼和浩特一帶），管理右翼三萬戶的蒙古各部，任命烏齊葉特(內喀爾喀)鄂托克錫爾呼納克洪台吉為管理左翼三萬戶的特命大臣。察哈爾八鄂托克雖屬左翼三萬戶，但直屬林丹汗。 林丹汗為了有效地控制蒙古各部和鞏固汗權，以察哈爾部為基礎，直接控制了內喀爾喀巴林、札魯特、巴岳特、烏齊葉特、弘吉剌特等五部，同時也遙控了蒙古其他各部。林丹汗執政前期，漠北喀爾喀三汗以及漠南喀喇沁的昆都倫汗、阿魯科爾沁的車根汗、科爾沁奧巴洪台吉、鄂爾多斯土巴濟農等，定期前往察漢浩特，朝見林丹汗，並與大汗共同商討政務大事，參加大汗舉行的宴會、圍獵等活動。蒙古各部汗、濟農、諾延、台吉，按照圖們札薩克圖汗大法約束諸鄂托克，並定期向林丹汗朝貢獻物（《大黃冊》，1957年列寧格勒版）。 林丹汗利用藏傳佛教，進一步擴大自己的影響。林丹汗登基那年，四世達賴雲丹嘉措所遣邁達裡呼圖克圖札阿囊昆噶寧波(大慈諾門汗)經鄂爾多斯抵達呼和浩特，作為蒙古地區黃教的坐床喇嘛。不久，林丹汗將邁達裡諾門汗、卓尼綽爾濟迎請至察漢浩特，不但自己信奉黃教，而且讓他們在察哈爾地區活動，宣揚該教。 1618年，當林丹汗26歲時，西藏紅教方面派遣沙爾巴呼圖克圖到達蒙古地區，尋找自己的支持者，林丹汗為紅教喇嘛沙爾巴呼圖克圖的法術所折服，在察漢浩特隆重地迎接了他。林丹汗封他為國師，並接受深奧密乘之灌頂。沙爾巴呼圖克圖為了取得林丹汗的信任，從五台山取來元世祖時紅教八思巴喇嘛用千金所鑄嘛哈噶喇金佛。 林丹汗修建金頂白廟，將金佛供於其中。林丹汗為了弘揚佛教，召集昆噶敖德斯爾、班第達顧實、阿南達顧實為首的33名大翻譯家，在1628-1629年期間翻譯了108卷《甘珠爾經》 (前人已翻譯過其中一部分)，並用金字抄寫在藍紙上。林丹汗把祖傳下來的傳國金印和嘛哈噶喇金佛、金《甘珠爾經》視為三大法寶。 林丹大汗以沙爾巴呼圖克圖為國師，改奉紅教後，極大地影響了他從前的形象和聲譽。信奉黃教的漠北喀爾喀和右翼三萬戶的各部汗、濟農、諾延、台吉，與林丹汗逐漸有所疏遠。影響較大的邁達裡諾門汗，也與林丹汗發生了分歧，久居漠北喀爾喀，已不再同情和支持林丹汗。盡管林丹汗改奉紅教後，其統治地位大受影響，但蒙古各部基本上仍聽從於他的統一號令。 而正當此時，女真人已從東北地區崛起。其建州部首領努爾哈赤，統一了女真各部，於1616年在赫圖阿拉即汗位，國號曰“金”，史稱“後金”。努爾哈赤統一女真各部的戰爭，早已引起蒙古和明朝的注意。 更何況，後金勢力和影響已波及到蒙古邊緣各部。科爾沁、內喀爾喀五部及喀喇沁等，不斷遣人至察漢浩特，希望林丹汗採取必要的防范措施，以遏制後金勢力。1608年，努爾哈赤的長子褚英率領5000人進犯烏拉部。烏拉部為女真人的一支，與科爾沁相鄰。烏拉部派人向科爾沁部求援。經林丹汗同意，科爾沁部翁阿岱巴圖爾諾延及其子奧巴率領科爾沁部大軍到達烏拉境，與烏拉部聯軍共同打退了褚英的軍隊。不久，葉赫部(在昌圖和開原之間所居)首領錦太什受到努爾哈赤的威脅，又向林丹汗告急求援。林丹汗遂命翁阿岱巴圖爾及其子奧巴領科爾沁部兵，往援葉赫部，殺死了努爾哈赤的部將布揚古（《皇清開國方略》卷12）。 後金天命年間，科爾沁部的台吉們奉林丹汗的命令，曾幾次同後金交戰，保衛了自己的邊疆。顯示了自己的勢力，科爾沁部的明安諾延的3個兒子還曾率領部眾深入後金境內，大掠其牲畜。但是，後金國主努爾哈赤在遼東地區的地位尚未鞏固，他不敢與蒙古和明朝同時對立。因此，對蒙古人的挑戰，盡量採取忍讓遷就的態度，甚至以通婚（努爾哈赤娶科爾沁明安台吉女為妃）為手段，爭取與科爾沁、內喀爾喀諸台吉保持和睦友好關系。 1619年六月，當努爾哈赤攻打明朝撫順、開原.鐵嶺、遼陽之際，林丹汗也趁機親率察哈爾和內喀爾喀五部，攻佔了明朝的廣寧城。當時，明朝為了不讓努爾哈赤與林丹汗聯合，使明朝東、北兩面受敵，不斷派人到察漢浩特，竭力討好林丹汗，希望他與明朝保持友好關系。林丹汗也考慮到，與明朝保持友好，進行貿易，有利可圖﹔同時利用明朝可以遏制和削弱後金勢力。因此，努爾哈赤攻打遼東地區的初期，明朝北境基本上安然無事。為了表示謝意，明朝每年向林丹汗贈送白銀千兩。 1619年夏，後金取得了遼東地區以薩爾滸之戰為中心的總體戰役的勝利，士氣大振。七月，努爾哈赤准備乘勝攻打鐵嶺。駐守鐵嶺的明軍勢單力薄，難以抵擋後金精稅。於是明朝派人至察漢浩特，向林丹汗求援。林丹汗命內喀爾喀五部弘吉剌特鄂托克齊賽諾延、札魯特鄂托克巴克、色本以及科爾沁明安諾延之子桑噶爾寨台吉等領兵萬余，往援鐵嶺明軍。林丹汗所遣大軍乘夜色到達鐵嶺城下。此時，努爾哈赤集中優勢兵力，已攻克了鐵嶺。他得知蒙古援軍1萬余人兵臨城下，便指揮諸貝勒出城交戰。齊賽諾延率領的蒙古軍隊，經不起數量上優勢、斗志旺盛的後金軍隊的猛攻，紛紛敗下陣來，奔遼河奪路而逃。後金軍隊緊緊追殺，活捉了齊賽諾延、巴克、色本、桑噶爾寨等台吉。 1619年十月，林丹汗派遣使臣康喀勒拜瑚持書到努爾哈赤住地，自稱“四十萬蒙古之主”，藐視稱“水濱三萬人之王 ”（《皇清開國方略》卷7）的努爾哈赤，要求努爾哈赤無條件釋放所獲內喀爾喀台吉和科爾沁台吉，並警告努爾哈赤不得進犯林丹汗所攻取的廣寧城。 努爾哈赤釋放了除內喀爾喀弘吉剌特的齊賽諾延以外的所有台吉，並寫了一封指責林丹汗的措詞強硬的信，通知內喀爾喀五部以牲畜一萬贖回齊賽諾延。林丹汗拒絕努爾哈赤的要求，但仍准備設法營救齊賽諾延。 1621年三月，努爾哈赤和諸貝勒率領大軍，圍攻沈陽，打敗明軍7萬守城部隊，佔領了沈陽城。努爾哈赤留下部分兵力駐守沈陽，指揮其余大部分兵力，准備乘勝攻取遼陽城。林丹汗得知後金佔領沈陽並留下少數部隊守護的情報後，令管理蒙古左翼三萬戶的大臣，烏齊葉特鄂托克的錫爾呼納克杜棱洪台吉率領內喀爾喀卓哩克圖諾延、達爾漢巴圖爾、巴哈達爾漢等2000騎兵前往沈陽營救被禁的齊賽諾延。錫爾呼納克杜棱洪台吉所率輕騎到達沈陽城下，與守城部隊展開激戰。但蒙古軍隊擔心努爾哈赤的援兵前來增援，便撤回蒙古本土。1621年八月，內喀爾喀五部送萬頭牲畜，贖回了弘吉剌特鄂托克齊賽諾延。 1603年1612年，後金國主努爾哈赤遣人至蒙古科爾沁部，娶明安台吉女為妃。1614年四月，努爾哈赤第二子代善娶科爾沁札魯特台吉鐘嫩女為妻。同月，札魯特內齊汗，將其妹嫁與努爾哈赤五子莽古爾泰。接著，努爾哈赤第四子皇太極娶科爾沁部莽古思台吉女為妃。同年十二月，札魯特部額爾濟格台吉女嫁給努爾哈赤第十子德格雷。1615年努爾哈赤又納科爾沁孔果爾台吉女為妃。1617年內喀爾喀巴岳特鄂托克達爾漢巴圖爾諾延之子恩格德爾娶女真舒爾哈齊四女為妻。經如此頻繁的聯姻，減少了來自蒙古方面的壓力，使努爾哈赤集中精力去對付明朝。 1618年四月起，努爾哈赤指揮後金大軍，先後攻克了明朝的遼東要鎮撫順、開原、鐵嶺，並取得了薩爾滸大捷，殲滅了明朝在遼東地區的有生力量。1621年三月，努爾哈赤攻取沈陽後，乘勝攻克了遼陽城，四月遷都遼陽。1622年正月，努爾哈赤率領大軍西渡遼河，攻下了明朝的軍事重鎮廣寧(也稱北鎮)。1625年遷國都於沈陽。此時，後金國主努爾哈赤完全掃除了明朝在遼東地區的勢力。鞏固了在遼東的統治後，他將注意力逐漸轉向了蒙古察哈爾部。首先對察哈爾的外圍內喀爾喀、科爾沁等部採取了離間、拉攏、威脅等手段，以孤立和削弱林丹汗的勢力。 1619年七月的鐵嶺戰役後，努爾哈赤頻繁遣人至內喀爾喀，要求諸台吉與後金盟誓修好，共同對付明朝。努爾哈赤與內喀爾喀建立同盟的目的是為了離間內喀爾喀與林丹汗的關系。十一月，在內興安嶺的色特爾黑地方，內喀爾喀五部部分台吉與努爾哈赤所遣使臣額克星額、綽庫爾、雅希禪、庫爾禪等刑白馬烏牛，設酒盟誓，表示彼此修好，與明朝為敵（《皇清開國方略》卷6）。1621年十一月，內喀爾喀五部的古爾布什、奔古勒二台吉率領所屬六百戶，至遼陽歸附於後金（《皇清開國方略》卷7）。努爾哈赤設大宴迎接，並將鬆古圖公主嫁給了古爾布什台吉。 內喀爾喀部分台吉與後金通婚、盟誓等事，引起了林丹汗的疑心。他嚴厲指責管理左翼三萬戶的大臣錫爾呼納克杜棱洪台吉管束不得力，甚至懷疑他暗中與努爾哈赤已有聯系，准備對錫爾呼納克杜棱洪台吉和其他諸台吉採取必要的措施。這反而加速了蒙古內部的分化。 本來從林丹汗信奉紅教後，尊崇宗喀巴黃教多年的漠北喀爾喀以及漠南影響較大的諸部，已與林丹汗貌合神離，開始自行其是了。1622年二月，管理左翼三萬戶的特命大臣錫爾呼納克杜棱洪台吉與林丹汗發生分歧，遂率領所屬烏齊葉特部與明安諤勒哲依圖台吉所屬烏嚕特部共三千多戶，投奔遼陽城，歸順了努爾哈赤。受其影響，1623年正月，內喀爾喀拉巴什希布、索諾木、莽果、達賴台吉等也各率所屬五百戶投奔了遼陽城。此時，烏珠穆沁部翁袞都喇爾子多爾濟車臣濟農與其叔之子塞棱額爾德尼台吉也因與林丹汗不和，率部投奔了漠北喀爾喀車臣汗碩壘。蘇尼特部素塞巴圖嚕濟農、浩齊特部策凌伊爾登、阿巴噶部都思噶爾札薩克圖濟農各率所部，也投奔了漠北喀爾喀車臣汗碩壘。 針對錫爾呼納克杜棱等台吉投奔努爾哈赤，林丹汗傳令內喀爾喀和科爾沁部，不得與後金使臣擅自往來，若被發現，定要興師問罪。 1623年五月，努爾哈赤又暗遣佑雷和伊沙穆，分別前往札魯特右翼台吉達雅和色本兩處。奉命監視右翼的札魯特左翼台吉鐘嫩和巴林左翼台吉昂安等，中途劫奪了佑雷、伊沙穆所帶衣物。色本懼怕林丹汗問罪，於是率部逃入科爾沁。科爾沁奧巴也惟恐得罪林丹汗而不敢收留。色本台吉走投無路，隻好投奔後金國主努爾哈赤。努爾哈赤得知內喀爾喀的很多台吉懷有歸順之心，但被林丹汗所阻不敢輕舉妄動。於是決定以武力相助欲附之台吉。經多次往來，努爾哈赤已爭取了科爾沁奧巴為首的諸台吉。1624年二月，努爾哈赤遣巴克什、希福、庫爾禪至科爾沁，在伊克唐噶哩坡(今科左中旗花土古拉蘇木一帶) 與奧巴為首的諸台吉刑白馬烏牛盟誓（《皇清開國方略》卷8）。此時，林丹汗叔祖岱青台吉與林丹汗不和，遂領所屬錫納明安鄂托克及其六子逃入科爾沁境內，受到奧巴洪台吉的保護。林丹汗命弘吉剌特鄂托克齊賽諾延領兵追回岱青台吉。齊賽諾延深入科爾沁，斬殺了前來堵截的奧巴屬下六台吉，取勝而返。1625年十一月，林丹汗親自率領內喀爾喀部分兵力，前往科爾沁奧巴洪台吉所在地格勒珠爾根城，圍城問罪。努爾哈赤命三貝勒莽古爾泰、四貝勒皇太極率領5000名精銳騎兵，由農安塔前來援助奧巴，迫使林丹汗撤走。內喀爾喀巴岳特鄂托克達爾漢巴圖爾之子恩格德爾台吉欲歸後金，因懼林丹汗，不敢前移。努爾哈赤命諸貝勒率兵，移其部眾於遼陽。 在此期間，努爾哈赤以札魯特部人奪其使臣財務為借口，派阿巴泰、德格類等貝勒率領3000人，深入札魯特左翼擊斬了昂安台吉，盡獲其妻孥人戶畜產而去。面對後金統治者的軍事壓力，林丹汗未能有效地組織各部與後金正面作戰，客觀上為後金提供了蠶食其外圍各部的機會。 1626年五月，努爾哈赤親統大軍，分兵八路進攻巴林部，擊斬了該部台吉囊努克，收其畜產班師。巴林部的部分台吉率部逃入科爾沁境，歸順了努爾哈赤。同年十月，後金以札魯特台吉鄂爾齊圖等兵阻前往科爾沁的使臣為借口，由大貝勒代善、二貝勒阿敏率領萬余兵馬攻打了左翼札魯特諸台吉，俘虜了巴克為首的14個台吉及人畜。隨後，後金統治者又以武力迫使察哈爾所屬阿剌克楚特鄂托克小台吉圖爾濟率屬下百余戶歸附了後金。 1626年八月，後金國主努爾哈赤去世，其四子皇太極即位。皇太極登基後，加快了征服蒙古各部的步伐，三征林丹汗。 皇太極以軟硬兼施的手段，拉攏並征服了察哈爾部外圍的內喀爾喀(巴林、札魯特、巴岳特、烏齊葉特、弘吉剌特)和科爾沁部，使素來強大的察哈爾部的力量大為削弱。於是皇太極將軍事行動的鋒芒直指察哈爾部。 奈曼和敖漢為察哈爾八鄂托克成員，影響較大。努爾哈赤及其繼承人皇太極早就通過奈曼鄂托克中有影響力的烏木薩特綽爾濟喇嘛，策動奈曼部長袞楚克巴圖魯台吉歸順後金。1627年二月，皇太極暗中遣人至奈曼部袞楚克所在地，希望袞楚克說服敖漢部首領索諾木杜棱及克什克騰部首領索諾木諾延歸順後金。四月，奈曼和敖漢部遣人表示，他們曾說服林丹汗與後金講和，但他們的努力遭到林丹汗和克什克騰部長的拒絕。六月，奈曼和敖漢部長派遣烏木薩特綽爾濟喇嘛至都爾弼城(後為清朝養息牧場)，通知後金兩蒙古部來降。皇太極領諸貝勒自都爾弼渡遼河，迎接了兩部長。1627年十二月，察哈爾阿喇克楚特部長多爾濟伊勒登、安班和碩齊、扣肯巴圖魯、昂坤杜棱等台吉，也先後率部依附於皇太極。 在此期間，皇太極曾數次遣人策動喀喇沁部歸順後金，但其所遣使臣均被察哈爾所屬多羅特部人截殺。1628年二月，皇太極以使臣被殺為由，親自率領精銳之師征戰察哈爾。皇太極命其弟多爾袞和多鐸貝勒為先鋒，率精兵先進。多爾袞探知多羅特部青巴圖嚕塞棱及其部眾在敖穆倫住牧，於是合兵襲擊了敖穆倫，多羅特部多爾濟哈坦巴圖嚕受傷遁走，台吉固嚕被殺，其部眾萬余人被皇太極俘獲（《皇清開國方略》卷11）。 皇太極與喀喇沁通使，進兵察哈爾殺掠了多羅特部。於是，林丹汗興師進抵喀喇沁部所在地，以武力裹走了喀喇沁蘇布地塔布囊及其弟萬丹偉征所屬戶口牧產。喀喇沁拉斯喀布汗與土默特、鄂爾多斯、阿蘇特、永謝布的部分台吉聯合，攻打了駐守趙城(在呼和浩特城一帶)的林丹汗的一支軍隊。1628年七月，喀喇沁部首領派遣以4名喇嘛為首的使團與皇太極的使臣，刑白馬烏牛盟誓，歸順了皇太極。 趁此機會，皇太極決定第二次征察哈爾林丹汗。1628年九月，皇太極分遣巴克什和希福傳令西北歸順的外藩蒙古各部率領所屬兵馬，到達約定地點，以征察哈爾林丹汗。敖漢部長索諾木杜棱、奈曼部長袞楚克巴圖魯會於都爾弼城﹔內喀爾喀諸貝勒所率兵馬會於遼陽城﹔喀喇沁和科爾沁部會於綽羅郭勒。皇太極統領大軍乘夜攻入察哈爾部的錫爾哈錫伯圖、英湯圖等地，俘獲了很多人畜而還。科爾沁台吉滿珠習禮及巴敦(孔果爾之子)力戰察哈爾部眾，將所獲物獻給了皇太極。皇太極分別賜二人'達爾漢巴圖嚕'和'達爾漢卓哩克圖'號。惟有科爾沁部長奧巴不忍心殺掠林丹汗及其部下，以足疾為由未到達所會之地，與其弟布達齊率部抵達察哈爾邊界，虛張聲勢而還。皇太極遣人問罪，罰駝十峰，馬百匹（《皇清開國方略》卷12）。 1630年十一月，阿魯科爾沁部長達賚楚琥爾、四子部落台吉伊爾扎布墨爾根台吉、阿魯伊蘇特部台吉齊桑達爾漢、噶爾瑪伊勒登等各率所部先後歸順了皇太極。皇太極將他們安置在西拉木倫河北岸游牧。1631年十一月，林丹汗為了用武力奪回阿魯諸部台吉，遂興師到達阿魯科爾沁達賚楚琥爾牧地，帶走了塞棱阿巴海的部眾。皇太極親率2000名精銳騎兵聞訊趕來，林丹汗早已越過興安嶺而去。 1632年三月，皇太極決定第三次遠征察哈爾林丹汗，傳令歸順後金的蒙古各部速率部來會。四月，科爾沁、札魯特、巴林、奈曼、敖漢、喀喇沁、土默特、阿魯科爾沁、翁牛特、阿蘇特等部的部長台吉會於西拉木倫河岸，總兵力約10萬。四月下旬，皇太極率領大軍越過興安嶺，駐守都埒河。當夜，鑲黃旗兩個蒙古人偷馬逃出，將大軍壓境的消息報告給林丹汗。林丹汗欲率部撤至漠北喀爾喀，但喀爾喀三汗與他不和。於是林丹汗率領所屬10萬之眾，西奔庫赫德爾蘇，經呼和浩特，渡黃河到達鄂爾多斯。皇太極分兵三路窮追林丹汗41天，五月下旬進駐呼和浩特，得知林丹汗已南渡黃河而去。遂停止追擊，經宣府、張家口返回。途中收攏了林丹汗所遺部眾數萬人。 後金大軍到達呼和浩特後，林丹汗在成吉思汗陵前舉行庄嚴的儀式，宣稱自己為全蒙古的'林丹巴圖魯汗'，遂帶領察哈爾、鄂爾多斯部眾，移動成吉思汗之陵，西渡黃河至大草灘。林丹汗在大草灘永固城一帶擁眾落帳，等待時機，重整旗鼓，准備東山再起。此時，一向堅決支持林丹汗事業的漠北喀爾喀卻圖台吉(土謝圖汗部)，於1634年初，率所部4萬之眾，直奔大草灘與林丹汗會合。林丹汗和卻圖台吉通過紅教的關系，與藏巴汗和白利(康區)土司頓月多吉建立了聯系（金巴道爾吉《水晶鑒》，留金鎖校注）。 1634年夏，林丹汗不幸因病去世。林丹汗福金蘇泰與其子額爾克孔果爾額哲率領察哈爾和鄂爾多斯部眾自大草灘返回鄂爾多斯。喀爾喀卻圖台吉率部進入青海。 林丹汗病故後，皇太極於1635年二月命多爾袞、岳托、薩哈廉、豪格領兵1萬，前往鄂爾多斯尋找林丹汗子額哲。三月，多爾袞在西喇珠爾格地方遇到林丹汗的妻子囊囊，得知額哲所在地。四月二十日，渡過黃河，至托裡圖找到了額爾克孔果爾額哲。後來，後金統治者將察哈爾部安置於義州，分設左右翼察哈爾八旗，封林丹汗子額哲為親王，並將皇女馬喀塔格格嫁之，設都統和副都統統治察哈爾左右翼。 1636年三月，漠南蒙古十六部49個大小領主齊聚沈陽，承認皇太極為汗，並奉上“博格達.徹辰汗”的尊號（內蒙古社科院歷史所《蒙古族通史》，民族出版社，2001年發行版）。同年，皇太極在盛京(沈陽)即位，改國號“清”，改元崇德。
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